天正年間、臨済宗妙心寺派月江寺住職竹心和尚の弟子に、僧祖安という勇侠の弟子がいて、甲斐の武将武田信玄公に召され束髪して月江安左工門と姓名を賜り川中島の戦いに参戦し、人数五十名召しつれ戦功勝利を得た。その功績により、信玄公より領地を拝領、信玄公没後、徳川家康公より特に御朱印地として当時十六石を受けた。現在本校の敷地全ては当時の御朱印地の上にあり、月江寺より寄進を受けたものである。
昭和三十二年二月、学園創始者故山田秀峰先生が、地域社会の方々の要望に応えるとともに、人間形成(人造り)を提唱され、高等学校と幼稚園を擁する今日の学園を創立したものである。
こうした由緒により、校章には武田菱と三ツ葉葵の紋を使用するに至り、また校名は、「人々と共に全ての知識の集まるところ」という意味をこめ「苑」の文字を用いて「富士学苑高等学校」とした。

| 昭和30年4月 | 富士商業学院開設 |
|---|---|
| 32年2月 | 富士商業学校と改称 |
| 37年12月 | 富士商業高等学校の設置認可 |
| 38年4月 | 第1回入学式 |
| 38年10月 | 普通科設置認可、富士学苑高等学校と改称 |
| 41年3月 | 第1回卒業式 |
| 44年4月 | 家政科設置認可 |
| 49年7月 | 沖縄県嘉数学園沖縄高等学校と姉妹校締結 |
| 58年8月 | 鳴沢グランド完成 |
| 59年4月 | 普通科商業コース設置 |
| 60年4月 | 普通科特別進学コース設置 |
| 61年5月 | 韓国 青潭綜合高等学校と姉妹校締結、交歓会開始 |
| 61年5月 | ワープロ教室完成 |
| 63年10月 | 鳴沢グランド屋内練習場(照顧館)完成 |
| 平成元年1月 | 屋内体育館(秀敬館)完成 |
| 3年4月 | 家政科廃止 |
| 4年4月 | OA館完成 |
| 5年4月 | サテラインシステム設置 |
| 7年3月 | 多目的教室(顧眺閣)・茶室(圓妙庵)完成 |
| 7年11月 | オーストラリア スワンクリスチャンカレッジと姉妹校締結、交歓会開始 |
| 9年4月 | 普通科進学コースを設置 |
| 12年11月 | 特別進学棟完成 |
| 15年10月 | 校舎耐震補強・リニューアル工事完了 |
| 15年11月 | 創立40年記念式典 |
| 16年5月 | 憩いの広場(六角堂)完成 |
| 17年4月 | アンテナショップ「苑」開店 |
| 18年4月 | 学習棟完成 |
